2001 stellte Orgelbaumeister Christoph Allgäuer die neue Orgel im restaurierten historischen Gehäuse fertig. Mit der nach barockem Vorbild errichteten mechanischen Spielanlage konnte das Rückpositiv wieder mit 4 Registern, das Hauptwerk mit 8 Registern und das Pedalwerk mit 4 Registern eingerichtet werden.
Im Jubiläumsjahr finden im Sommer im Rahmen des Festivals "Kunst in der Kartause" besondere Orgelkonzerte statt, bei denen die Orgel gemeinsam mit anderen Instrumenten in der besonderen Raumakustik der Kartausenkirche erklingt.