Bereits im 11. Jahrhundert gehörte das Gebiet von Opponitz zur Pfarre Aschbach. Die kleine Kirche wird erstmals im Passauer Urbar des Jahres 1256 urkundlich erwähnt. Im Jahr 1267 erscheint Opponitz als Filialkirche von Hollenstein, obwohl Hollenstein dem Hochstift Freising und Opponitz dem Hochstift Passau sowie der Grafschaft Gleiß zugeordnet war.
Nach einer überlieferten Zeichnung lässt sich das Gotteshaus der Spätgotik zuordnen. Die beiden Seitenaltäre waren der heiligen Barbara sowie der unbefleckten Empfängnis Mariens geweiht. Das Hochaltarbild zeigte die Feuerprobe der Kaiserin Kunigunde. Diese Kirche stellte das einzige sakrale Bauwerk der Herrschaft Gleiß in ihrem rechtsufrigen Gesamtbesitz dar und kam daher als letzte Ruhestätte hochgestellter Persönlichkeiten in Betracht.
Der äußerst schlechte bauliche Zustand der Pfarrkirche führte im Jahr 1852 zu einem Neubau, der nach dreijähriger Bauzeit feierlich eingeweiht wurde. Der neue Kirchenbau orientiert sich am Vorbild der Kirche St. Johann Nepomuk in der Wiener Praterstraße. Der stattliche neubarocke Langhausbau zeichnet sich durch große Rundbogenfenster aus; an der Westseite befindet sich ein Vorbau mit Hauptportal, über dem sich ein schlanker Turm mit Spitzdach erhebt.
Der Innenraum ist pfeilerlos gestaltet, das Gewölbe besteht aus Tuffstein. Die Gemälde der größeren Seitenaltäre stammen von Martin Johann Schmidt.
Besondere Bedeutung kommt der Orgel zu, die im Jahr 1610 von einem Orgelbaumeister aus Steyr erbaut wurde und heute zu den ältesten noch spielbaren Orgeln Niederösterreichs zählt. Es handelt sich um eine barocke Orgel mit gebrochenen Oktaven in Manualen und Pedal. Das mechanische Werk mit Schleifladen verfügt über zwei Manuale und insgesamt 18 klingende Register. Im Jahr 1860 wurde die Orgel von der Pfarrkirche Neuhofen (Ostarrichi), wo sie teilweise durch einen Brand beschädigt worden war, angekauft und in der Kirche von Opponitz neu aufgestellt.
Ergänzt wird die historische Ausstattung durch eine besonders wertvolle Glocke aus dem Jahr 1507 mit Heiligendarstellungen. Sie trägt die Inschrift: „DU HEILIGE FRAU QUNIGUNT BIT GOT FUER UNS CU ALLER STUND“.
