Loiwein gehörte ursprünglich zur Pfarre Meisling, die nach 1000 von Passau aus gegründet worden sein dürfte. Meisling zählt zu den ersten großen Pfarren des Waldviertels. Erst im Zuge der Durchführung der josephinischen Reform der Pfarrorganisation wurde Loiwein 1783 von Meisling getrennt und zu einer selbständigen Seelsorgestation erhoben. Die Besetzung der neu errichteten Seelsorgstation mit Priestern wurde dem Stift Lilienfeld übertragen.
Über ein eigenes Gotteshaus verfügte der Markt Loiwein schon seit vielen Jahren. Der gotische Chor der Kirche stammt aus der Zeit um 1400.
In der Zeit der Reformation wirkte Hieronymus Elk als Prediger in Loiwein. Elk war kein evangelisch ausgebildeter Theologe, sondern ein abgesprungener katholischer Ordenspriester. Es besteht kein Zweifel daran, dass damals auch die ganze Einwohnerschaft von Loiwein dem evangelischen Glauben anhing.
Bald nach 1600 erging jedoch der kaiserliche Befehl zur Entfernung der evangelischen Prediger. 1606 konnte das Kloster Lilienfeld mit Simon Rupertus wieder einen katholischen Pfarrer nach Meisling entsenden. Eine markante Persönlichkeit dieser Zeit war der Weltpriester Johann Carpentarius von Meisling, der die Filiale Loiwein wieder enger an die Mutterkirche zu binden wusste.
Der Protestantismus hinterließ in Loiwein lange Zeit seine Spuren. Noch 1861 ist in der Chronik ein Hinweis zu finden, dass ein gewisser Franz Deimel dem protestantischen Glauben anhing und P. Benedikt Neubauer seine Nachfolger davon informieren möchte.
Nach der Normalisierung der religiösen und kirchlichen Verhältnisse wurde Loiwein um 1652 wieder eine Nebenkirche von Meisling. Nun fand jeden dritten Sonntag in der Filiale zu Loiwein der Gottesdienst statt, zu dem in der Regel der Kooperator von Meisling kam.
Nach einer mündlichen Überlieferung sollen die Loiweiner an jenem Sonntag des Herbstes 1783, an welchem sie den Sonntagsgottesdienst in Meisling besuchen mussten, dem Kooperator von Meisling, P. Leonhard Hartner, auf halbem Weg nach Meisling begegnet sein und mit dem Hinweis „ab nun ist Loiwein eine eigene Pfarre, ich wurde zu eurem Pfarrer bestellt und bleibe bis zu meinem Lebensende bei euch“ zur Rückkehr und Beiwohnung des Gottesdienstes in Loiwein aufgefordert worden sein.
Das Anstellungsdekret von P. Leonhard Hartner wurde am 28. Oktober 1783 ausgestellt.
Die offizielle Gründung der Pfarre ist mit 1. November 1783 angegeben.
Die letzte Matrikeneintragung in Meisling hinsichtlich Loiwein ist am 30. April 1784.
Eine der größten und umfangreichsten Renovierungen der Kirche in Loiwein fand unter Pfarrer P. Joseph Hurmer im Jahr 1885/86 statt.
Der Pfarrpatron ist der Heilige Johannes der Täufer (24.Juni)
Das pfarrliche Leben zeigt sich in der Erfüllung der Dienste der Kirche: Verkündigung des Wortes Gottes, Liturgie und Caritas.
Die Pfarre Loiwein umfasst die Orte Loiwein, Wurschenaigen, Taubitz und von der Gemeinde Gföhl den Ort Seeb.